ولادت آن حضرت در روز اول ذيقعده سال ١٧٣ هجرى قمرى در مدينه منوره واقع شده است. ديرى نپاييد كه در همان سنين كودكى مواجه با مصيبت شهادت پدر گرامى خود در حبس هارون در شهر بغداد شد. لذا از آن پس تحت مراقبت و تربيت برادر بزرگوارش حضرت على بن موسى الرضا (ع) قرارگرفت. 

در سال ٢٠٠ هجرى قمرى در پى اصرار و تهديد مأمون عباسى سفر تبعيد گونه حضرت رضا (ع) به مرو انجام شد و آن حضرت بدون اين كه كسى از بستگان و اهل بيت خود را همراه ببرند راهى خراسان شدند. 

يك سال بعد از هجرت برادر، حضرت معصومه (س) به شوق ديدار برادر و اداي رسالت زينبي و پيام ولايت به همراه عده اى از برادران و برادرزادگان به طرف خراسان حركت كرد و در هر شهر و محلى مورد استقبال مردم واقع مى شد. 

اين جا بود كه آن حضرت نيز همچون عمه بزرگوارشان حضرت زينب(س) پيام مظلوميت و غربت برادر گراميشان را به مردم مؤمن و مسلمان مى رساندند و مخالفت خود و اهلبيت (ع) را با حكومت حيله گر بنى عباس اظهار مى كرد. بدين جهت تا كاروان حضرت به شهر ساوه رسيد عده اى از مخالفان اهلبيت كه از پشتيبانى مأموران حكومت برخوردار بودند،سر راه را گرفتند و با همراهان حضرت وارد جنگ شدند، در نتيجه تقريباً همه مردان كاروان به شهادت رسيدند، حتى بنابر نقلى حضرت(س) معصومه را نيز مسموم كردند. 

به هر حال ، يا بر اثر اندوه و غم زياد از اين ماتم و يا بر اثر مسموميت از زهر جفا، حضرت فاطمه معصومه (س)بيمار شدند و چون ديگر امكان ادامه راه به طرف خراسان نبود قصد شهر قم را نمود. پرسيد: از اين شهر«ساوه» تا «قم» چند فرسنگ است؟ آن چه بود جواب دادند، فرمود: مرا به شهر قم ببريد، زيرا از پدرم شنيدم كه مى فرمود: شهر قم مركز شيعيان ما است.

بزرگان شهر قم وقتى از اين خبر مسرت بخش مطلع شدند به استقبال آن حضرت شتافتند; و در حالى كه «موسى بن خزرج» بزرگ خاندان «اشعرى» زمام ناقه آن حضرت را به دوش مى كشيد و عده فراوانى از مردم پياده و سواره گرداگرد كجاوه حضرت در حركت بودند، حدوداً در روز ٢٣ ربيع الاول سال ٢٠١ هجرى قمرى حضرت وارد شهر مقدس قم شدند. سپس در محلى كه امروز «ميدان مير» ناميده مى شود شتر آن حضرت در جلو در منزل «موسى بن خزرج» زانو زد و افتخار ميزبانى حضرت نصيب او شد. 

آن بزرگوار به مدت ١٧ روز در اين شهر زندگى كرد و در اين مدت مشغول عبادت و راز و نياز با پروردگار متعال بود. محل عبادت آن حضرت در مدرسه ستيه به نام «بيت النور» هم اكنون محل زيارت ارادتمندان آن حضرت است. 

سرانجام در روز دهم ربيع الثانى و «بنا بر قولى دوازدهم ربع الثانى» سال ٢٠١ هجرى پيش از آن كه ديدگان مباركش به ديدار برادر روشن شود، در ديار غربت و با اندوه فراوان ديده از جهان فروبست و شيعيان را در ماتم خود به سوگ نشاند